Programa del curso

Introducción general a la Genómica Funcional.

Técnicas de secuenciación de ADN y cuantificación de expresión (NGS, Microarrays, etc).

Aplicaciones generales de estas tecnologías.

Información biológica y formato de los datos.

Análisis de variaciones genómicas:

Análisis de la expresión génica.

Interacciones Proteína-Proteína.

El Interactoma de Proteínas y sus propiedades.

Aplicaciones del Interactoma en Genómica Funcional.

Introducción a las bases de datos en biología.

Bases de datos genómicas: Ensembl, Biomart, UCSC

Bases de datos de información funcional: GO, Reactome, miRNA, Jaspar

Bases de datos de proteómica: Uniprot, PDB, Interpro

Ejemplos y ejercicios.

Introducción al análisis de datos en biología.

Algoritmo y software para la interpretación funcional de listas de genes.

Ejercicio usando la herramienta FatiGO de Babelomics.

Entender el porqué del uso de las “ómicas” para resolver un problema clínico.

Aplicación de la expresión génica para caracterizar fenotipos biológicos (Firmas transcriptómicas).

Aplicación de métodos exploratorios (clustering y PCA), de análisis de expresión génica diferencial y de análisis funcionales en el problema específico a solucionar.

Diagnóstico clínico mediante predicción computacional.

Que es la filogenia

Aplicaciones de la filogenia

Arboles filogeneticos

Homología

Árbol de especie / Árbol de gen

Reloj molecular

Modelos evolutivos

Adaptación

Herramientas para alineamientos multiples

Herramientas web para filogenia y adaptación

secuencias (Ensembl, NCBI)

alineamientos (Ensembl, phylomedb)

árboles filogeneticos (Ensembl, phylomedb)

predicción de ortologia/paralogia (phylomedb, orthodb, Ensembl)

presión selectiva (pamlBrowser, Ensembl, Pupas)

Phylemon y bases de datos

Introducción del concepto de proteína y su estructura

Hélices/betas/lazos

Función en proteínas y su relación con estructura

Conservación de estructura y secuencia

Introducción al banco de datos del PDB

Uso del banco de datos del PDB

Introducción del programa PyMol/RasMol

Instalación del PyMol /RasMol y uso en las máquinas locales

Introducción al la predicción de estructura a partir de secuencia

Predicción por homología y ab-initio

MODELLER

ModWeb/ModBase

Ejemplo de Predicción de estructura por homología.