Programa del curso

Martes (Genómica Funcional I)

9:00 - 10:00 (1h). Presentación e introducción (Marc Martí)

10:15 - 11:15 (1h). Tecnologías en Bioinformática (Jorge Jiménez)

  • Introducción general a la Genómica Funcional.
  • Técnicas de secuenciación de ADN y cuantificación de expresión (NGS, Microarrays, etc).
  • Aplicaciones generales de estas tecnologías.

11:45 - 12:45 (1h). Análisis genómicos y de expresión (Francisco García)

  • Información biológica y formato de los datos.
  • Análisis de variaciones genómicas:
    • SNP (polimorfimos de un único nucleótido)
    • CNV (variación del número de copias)
  • Análisis de la expresión génica.

13:00 - 14:00 (1h). Proteómica (Luz García)

  • Interacciones Proteína-Proteína.
  • El Interactoma de Proteínas y sus propiedades.
  • Aplicaciones del Interactoma en Genómica Funcional.

Miércoles (Genómica Funcional II)

09:00 - 11:15 (2h). Bases de datos (Ignacio Medina y Marta Bleda)

  • Introducción a las bases de datos en biología.
  • Bases de datos genómicas: Ensembl, Biomart, UCSC
  • Bases de datos de información funcional: GO, Reactome, miRNA, Jaspar
  • Bases de datos de proteómica: Uniprot, PDB, Interpro
  • Ejemplos y ejercicios.

11:45 - 12:45 (1h). Introducción al Análisis de Datos (Joaquín Tárraga)

  • Introducción al análisis de datos en biología.
  • Algoritmo y software para la interpretación funcional de listas de genes.
  • Ejercicio usando la herramienta FatiGO de Babelomics.

13:00 - 14:00 (1h). Ejemplo real de aplicación de herramientas bioinformáticas en Investigación Biomédica. (Patricia Díaz)

  • Entender el porqué del uso de las “ómicas” para resolver un problema clínico.
  • Aplicación de la expresión génica para caracterizar fenotipos biológicos (Firmas transcriptómicas).
  • Aplicación de métodos exploratorios (clustering y PCA), de análisis de expresión génica diferencial y de análisis funcionales en el problema específico a solucionar.
  • Diagnóstico clínico mediante predicción computacional.

Jueves (Genómica Evolutiva)

9:00 - 10:00 (1h). Filogenia (Juan)

  • Que es la filogenia
  • Aplicaciones de la filogenia
  • Arboles filogeneticos
  • Homología
    • Ortología
    • Paralogía

10:15 - 11:30 (1h15). Evolución molecular y adaptación (François Serra)

  • Árbol de especie / Árbol de gen
  • Reloj molecular
  • Modelos evolutivos
    • modelos para proteínas, ADN y codones
  • Adaptación
    • qué es / cómo se detecta
    • interés biológico / médico

12:00 - 12:30 (30’). Alineamiento, Herramientas webs (Juan Antonio Rodríguez)

  • Herramientas para alineamientos multiples
    • Muscle, MAFFT, Clustal, T-COFFEE, Dialign
    • Problemas y soluciones (M-COFFEE)
  • Herramientas web para filogenia y adaptación
    • Phylemon
    • PhyleasProg

12:30 - 13:00 (30’). Bases de Datos (François Serra)

  • secuencias (Ensembl, NCBI)
  • alineamientos (Ensembl, phylomedb)
  • árboles filogeneticos (Ensembl, phylomedb)
  • predicción de ortologia/paralogia (phylomedb, orthodb, Ensembl)
  • presión selectiva (pamlBrowser, Ensembl, Pupas)

13:15-14:00 (45’) Ejercicios (Marta Bleda)

  • Phylemon y bases de datos

Viernes (Genómica Estructural)

9:00 - 10:0 (1h). Introducción a la estructura de proteínas (Davide Baú)

  • Introducción del concepto de proteína y su estructura
  • Hélices/betas/lazos
  • Función en proteínas y su relación con estructura
  • Conservación de estructura y secuencia

10:15 - 11:30 (1h15’). Uso de PDB y PyMol (Davide Baú)

  • Introducción al banco de datos del PDB
  • Uso del banco de datos del PDB
  • Introducción del programa PyMol/RasMol
  • Instalación del PyMol /RasMol y uso en las máquinas locales

12:00 - 13:00 (1h). Predicción de estructura por homología (Marc Martí)

  • Introducción al la predicción de estructura a partir de secuencia
  • Predicción por homología y ab-initio
  • MODELLER
  • ModWeb/ModBase

13:15 - 14:00 (45’). Ejercicio final de estructura (Marta Bleda)

  • Ejemplo de Predicción de estructura por homología.
cefire_programa.txt · Última modificación: 2017/05/24 11:08 (editor externo)
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