Tabla de Contenidos
Programa del curso
Martes (Genómica Funcional I)
9:00 - 10:00 (1h). Presentación e introducción (Marc Martí)
10:15 - 11:15 (1h). Tecnologías en Bioinformática (Jorge Jiménez)
- Introducción general a la Genómica Funcional.
- Técnicas de secuenciación de ADN y cuantificación de expresión (NGS, Microarrays, etc).
- Aplicaciones generales de estas tecnologías.
11:45 - 12:45 (1h). Análisis genómicos y de expresión (Francisco García)
- Información biológica y formato de los datos.
- Análisis de variaciones genómicas:
- SNP (polimorfimos de un único nucleótido)
- CNV (variación del número de copias)
- Análisis de la expresión génica.
13:00 - 14:00 (1h). Proteómica (Luz García)
- Interacciones Proteína-Proteína.
- El Interactoma de Proteínas y sus propiedades.
- Aplicaciones del Interactoma en Genómica Funcional.
Miércoles (Genómica Funcional II)
09:00 - 11:15 (2h). Bases de datos (Ignacio Medina y Marta Bleda)
- Introducción a las bases de datos en biología.
- Bases de datos genómicas: Ensembl, Biomart, UCSC
- Bases de datos de información funcional: GO, Reactome, miRNA, Jaspar
- Bases de datos de proteómica: Uniprot, PDB, Interpro
- Ejemplos y ejercicios.
11:45 - 12:45 (1h). Introducción al Análisis de Datos (Joaquín Tárraga)
- Introducción al análisis de datos en biología.
- Algoritmo y software para la interpretación funcional de listas de genes.
- Ejercicio usando la herramienta FatiGO de Babelomics.
13:00 - 14:00 (1h). Ejemplo real de aplicación de herramientas bioinformáticas en Investigación Biomédica. (Patricia Díaz)
- Entender el porqué del uso de las “ómicas” para resolver un problema clínico.
- Aplicación de la expresión génica para caracterizar fenotipos biológicos (Firmas transcriptómicas).
- Aplicación de métodos exploratorios (clustering y PCA), de análisis de expresión génica diferencial y de análisis funcionales en el problema específico a solucionar.
- Diagnóstico clínico mediante predicción computacional.
Jueves (Genómica Evolutiva)
9:00 - 10:00 (1h). Filogenia (Juan)
- Que es la filogenia
- Aplicaciones de la filogenia
- Arboles filogeneticos
- Homología
- Ortología
- Paralogía
10:15 - 11:30 (1h15). Evolución molecular y adaptación (François Serra)
- Árbol de especie / Árbol de gen
- Reloj molecular
- Modelos evolutivos
- modelos para proteínas, ADN y codones
- Adaptación
- qué es / cómo se detecta
- interés biológico / médico
12:00 - 12:30 (30’). Alineamiento, Herramientas webs (Juan Antonio Rodríguez)
- Herramientas para alineamientos multiples
- Muscle, MAFFT, Clustal, T-COFFEE, Dialign
- Problemas y soluciones (M-COFFEE)
- Herramientas web para filogenia y adaptación
- Phylemon
- PhyleasProg
12:30 - 13:00 (30’). Bases de Datos (François Serra)
- secuencias (Ensembl, NCBI)
- alineamientos (Ensembl, phylomedb)
- árboles filogeneticos (Ensembl, phylomedb)
- predicción de ortologia/paralogia (phylomedb, orthodb, Ensembl)
- presión selectiva (pamlBrowser, Ensembl, Pupas)
13:15-14:00 (45’) Ejercicios (Marta Bleda)
- Phylemon y bases de datos
Viernes (Genómica Estructural)
9:00 - 10:0 (1h). Introducción a la estructura de proteínas (Davide Baú)
- Introducción del concepto de proteína y su estructura
- Hélices/betas/lazos
- Función en proteínas y su relación con estructura
- Conservación de estructura y secuencia
10:15 - 11:30 (1h15’). Uso de PDB y PyMol (Davide Baú)
- Introducción al banco de datos del PDB
- Uso del banco de datos del PDB
- Introducción del programa PyMol/RasMol
- Instalación del PyMol /RasMol y uso en las máquinas locales
12:00 - 13:00 (1h). Predicción de estructura por homología (Marc Martí)
- Introducción al la predicción de estructura a partir de secuencia
- Predicción por homología y ab-initio
- MODELLER
- ModWeb/ModBase
13:15 - 14:00 (45’). Ejercicio final de estructura (Marta Bleda)
- Ejemplo de Predicción de estructura por homología.
